本作主要描述照顧和護衛女神雅典娜的特別聖鬥士「聖鬥少女（Saintia）」的故事。主人公則是其中一名聖鬥少女小馬座（Equuleus）的翔。 在城戶沙織以「銀河戰爭」的開幕為開端，覺悟到自己要為將在聖域蔓延的邪惡曝光於天下而戰的宿命之後，感覺到紛爭氣息的邪惡女神「厄里斯」在彗星「雷帕魯斯（Repulse）」的引導下再次襲擊地球，企圖為大地帶來流血混亂。爲了粉碎她的野心，身為雅典娜的侍女的聖鬥少女們陸續展開了激鬥。 本作的時間線，在翔成為聖鬥少女之前是原作中的【銀河戰爭篇】(Galaxian Wars)期間，成為了聖鬥少女之後是在【十二宮篇】之後。